Центральный Комитет партии на одном из заседаний в ноябре 1921 года обсудил вопрос о Красном Флоте. Было принято решение, наметившее широкую программу вос­становления флота. Вопросу возрождения Красного Флота было придано общепартийное, государственное значение.

   Тогда же Панцержанский был назначен помощником по морской части главкома всеми Вооруженными силами Рес­публики. На этом посту он пробыл до декабря 1924 года. В одной из своих статей Панцержанский писал: «В исто­рии нашего флота... только 22-й год явился поворотным в сторону укрепления н обновления    флота. Две основные  задачи стояли тогда перед ним: первая — это замена всего старого личного состава новым, крепким пролетарским эле­ментом, сильным волей к победе рабочего класса, вторая — восстановление техники и материальной части. Обе эти за­дачи тесно связаны между собой, и решение одной из них невозможно без решения другой»

   За три года Панцержанский смог многое сделать. Улуч­шилась постановка учебного дела. Флот ежегодно пополнял­ся необходимыми кадрами — младшими специалистами, ко­мандирами, инженерами и выпускниками Военно-морской академии. Устаревшие типы боевых кораблей и вспомога­тельных судов, свыше 400 единиц, были переданы Цент­ральной фондовой комиссии для ликвидации. Остались наи­более боеспособные, современные корабли.

   Разработанной в 1923 году судостроительной и судоре­монтной программой намечалось достроить два крейсера (один — для Балтики, другой — для Черного моря), четы­ре эсминца типа «Новик», одну подводную лодку и отремон­тировать два линкора, два крейсера, пятнадцать эсминцев, четырнадцать подводных лодок и ряд других кораблей и вспомогательных судов. По тем временам это была серьез­ная сила и хороший фундамент для дальнейшего развития флота.

Тогда же на всех флотах закладывались основы той бое­вой подготовки, которая уже через несколько лет сделала молодой флот Советской страны вполне боеспособным по­мощником Красной Армии.

Ведя огромную работу в центре, Панцержанский часто бывал на флотах, принимал самое непосредственное участив в руководстве боевой учебой флотов.

   Вспоминаю маневры Черноморского флота осенью 1923 года — первые ночные морские маневры в советском флоте. В первую же ночь учений внезапно в Северную бух­ту сквозь ворота бона, открытого для прохода какого-то бук­сира, ворвался с моря быстроходный сторожевой катер. Швыряя на воду патроны фосфоритного кальция, он обозна­чал торпедную атаку. Мы, штаб «красной стороны», сразу поняли, в чем дело, ибо часа два назад сами обеспечивали выход в море Панцержанского. Для всех участвовавших в организации обороны базы этот налет оказался хорошим уроком.

   В 1924 году стали вводить единоначалие в армии и на флоте. Положение Панцержанского оказалось довольно сложным: он оставался беспартийным. Человек исключи­тельно требовательный, он считал себя недостаточно подго­товленным к вступлению в партию. М. В. Фрунзе предло­жил ему на выбор любое место на флоте. Панцержанского более всего влекло Черпое море. И он вернулся в Севасто­поль.

   С декабря 1924 по 1926 год он снова командовал Мор­скими силами Черного моря, а с октября 1926 по март 1937 года работал в центральном аппарате Военно-Морско­го Флота, состоял для особо важных поручений при Предсе­дателе РВС СССР и Народном комиссаре по военным и морским делам, участвовал в разработке плана постройки Беломорско-Балтийского канала. Его неизменно привлекали к решению важнейших мероприятий по строительству и по­вышению боевой мощи Военно-Морского Флота.

   В эти годы Панцержанский возглавлял Уставную комис­сию Морских Сил. Уставные документы дореволюционного флота охватывали хозяйственные вопросы, права и взаимо­отношения личного состава, прохождение службы офицера­ми и службу личного состава. Надо было создать новые ус­тавы, с учетом опыта первой мировой и гражданской войн, применения новых видов оружия и боевых средств. Комис­сия подготЪвила первый Боевой устав морских сил, так называемый БУМС-30