В апреле 1932 года Панцержанский был назначен на­чальником учебно-строевого управления Управления Воен­но-Морских Сил РККА, реорганизованного вскоре и полу­чившего наименование отдела боевой подготовки.

Активное участие принял Э. С. Панцержанский в развер­тывании на флоте рационализации и изобретательства, мно­го энергии вложил в создание в 30-х годах Северного и Тихоокеанского флотов. В марте 1937 года ему поручили сформировать морской отдел Академии Генерального штаба, который стал готовить руководящие кадры для оперативных объединений флота. Панцержанский целиком отдался работе, но 13 июня был арестован и 26 сентября 1937 года погиб,

Панцержанский вложил много сил и энергии в создание оборонной мощи нашей страны. И если ко времени Великой Отечественной войны наши флоты оказались подготовлен­ными, чтобы в составе Вооруженных Сил Советского Союза отстоять свободу и независимость своей Родины, то сущест­венная в этом заслуга Э. С. Панцержанского, имя которого вернули флоту в пятидесятые годы.